Sông ngòi

Ngoài hệ thống hang động, Phong Nha-Kẻ Bàng còn có các sông ngầm dài nhất. Đặc trưng núi đá vôi của khu vực Phong Nha-Kẻ Bàng đã tạo ra một hệ thống sông ngòi trong vùng khá phức tạp, có rất ít sông suối có nước thường xuyên. Có ba con sông chính trong vườn quốc gia này là sông Chày, sông Son và sông Troóc. Nguồn nước cung cấp cho các con sông này là hệ thống các sông suối ngầm dưới lòng đất, các suối này đều nổi lên mặt đất tại các hang động như Én, Vòm, Tối và Phong Nha. Cả ba con sông chính trong vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng đều chảy vào sông Gianh, sau đó đổ ra biển Đông ở thị trấn Ba Đồn thuộc huyện Quảng Trạch[35].

Nước sông Chày đoạn trước Hang Tối có màu xanh đặc trưng mà theo nhiều chuyên gia là do có chứa lượng Ca(HCO3)2 và các loại khoáng chất khác với nồng độ cao.

Khu vực Phong Nha-Kẻ Bàng còn có hàng chục con suối và thác nước đẹp như: Thác Gió, Thác Mệ Loan, Suối Mọc phun lên từ chân một dãy núi đá vôi, Suối Trạ Ang[36][37].

Các đỉnh núi

Phong Nha-Kẻ Bàng có một số ngọn núi cao hơn 1000 m, đáng chú ý là đỉnh Co Rilata với độ cao 1.128 m và đỉnh Co Preu cao 1.213 m[3].

Các núi ở vùng carxtơ của vườn quốc gia này có chiều cao điển hình trên 800 m và tạo thành một dãy núi liên tục dọc theo đường biên giới hai nước Việt Nam và Lào, trong đó đáng chú ý là các đỉnh: Phu Tạo (1174 m), Co Unet (1150 m), Phu Canh (1095 m), Phu Mun (1078 m), Phu Tu En (1078 m), Phu On Chinh (1068 m), Phu Dung (1064 m), Phu Tu Ôc (1053 m), Phu Long (1015 m), Phu Ôc (1015 m), Phu Dong (1002 m). Nằm xen giữa các đỉnh này là các đỉnh có chiều cao từ 800–1000 m: Phu Sinh (965 m), Phu Co Tri (949 m), Phu On Boi (933 m), Phu Tu (956 m), Phu Toan (905 m), Phu Phong (902 m), núi Ma Ma (835 m).

Vùng địa hình phi carxtơ chiếm một tỷ lệ nhỏ, chủ yếu nằm ở vòng ngoài về phía bắc, đông bắc và đông nam của Phong Nha-Kẻ Bàng với các đỉnh núi cao 500–1000 m với độ dốc 25-30 độ và sự chia cắt cao. Có một số thung lũng hẹp dọc theo các con suối và khe như: khe Am, khe Cha Lo, khe Chua Ngút và một thung lũng nằm dọc theo Rào Thương ở rìa cực nam. Theo hướng bắc-nam có các đỉnh núi đáng chú ý như: Phu Toc Vu (1000 m), Mã Tác (1068 m), Cổ Khu (886 m), U Bò (1009 m), Co Rilata (1128 m) (đỉnh cao nhất của vườn quốc gia này, nằm ở rìa cực nam của vườn quốc gia)[6].